Религиозная тема в аниме

Просто из-за того, что искусственно выведенных существ называют богами, какая-то слабая причина,чтоб приплести тематику религии и уж тем более ещё и обозначить эту тему как основную в сериале. Кроме самого термина "Бог" там ничего больше от религии и нету.

Каким образом это проецируется на ЭП? Прокси - это реальные существа, которые управляют куполами вообще из тени и многие о них знать не знают, не то, что там прям поклоняются им.

ну так тут религиозная тема, т.е. религия как таковая, а широкий список понятий, имеющих отношение к религии, в т.ч. бог. Прокси были созданы, как боги мира, лишенного богов (со слов Единого). Они реальные, но бог не обязательно быть нереальным, религия как раз таки и предполагает его реальность.
О правлении из тени с уверенностью можно сказать только об Эрго. И в тоже время, Уилл Б. Гуд совершенно не скрывал свое существование. Не исключено, что кому-то из них даже поклонялись.

На счёт Уилл Б. Гуда, тема не была раскрыта на сколько открыто он правит (а если вернее, то вообще не раскрыта), потому что показанное нам вообще не было реальностью. Вспоминаем остальных прокси, о Сенексис в её родном куполе никто не знал, Кацкис правит городом-призраком, о Едином кроме Донова Мейера и разумных статуй никто не знал, о Монаде тоже и так можно дальше продолжать. Они все так или иначе либо в тени, либо живут там где уже никого не осталось.
Может конечно кто-то да поклонялся прокси как богам, но эта тема вообще не поднималась в сериале.