1. Церковь трех героев - государственная религия Мелромарка.
2. Король здесь действует под влиянием церкви. Грубо говоря - он фанатик.
3. Церковь свергли легко, так как умер её глава, Архиепископ. Если бы ему удалось воплотить свои планы, то королеве пришлось бы туго. Почему? Потому что это религия. Будь ты хоть трижды королева, если народ тебе не подчиняется, то ты ни кем не правишь. А если основная религия говорит, что щит демон, то для народа так и есть. Простые люди, которые относились нормально к Нао, только те, кому Нао так или иначе помог. Остальная страна его презирает. Кто управляет народом - тот управляет государством, ибо без народа нет государства.
Архиепископ, при удачном стечении обстоятельств, мог просто убить королеву. И сказать что это сделал щит. И все бы поверили. Как поверили, что Нао промывает мозги с помощью щита, что он похитил принцессу, что он пытался изнасиловать другую принцессу..

Все это есть в ранобэ. Вы либо не читали, либо не поняли, либо упорно настаиваете на своем.

1. В аниме уже показали теней. Шпионская организация. Эта организация так же раскололась на две фракции. Те кто с королевой, и те кто с церковью. Эти тени постоянно следят за ВСЕМИ героями. На протяжении всего ранобэ.
2. Пытаются убить, так как не могут больше контролировать. Да и смерть "демона" от рук церкви поднимет авторитет данной церкви. Факт того, что он нужен, они для себя ещё не открыли. Это расскажет Фитория.
Да и церковь попытается убить всех 4-х героев. Здесь не только Нао под руку попадется. Как только герои начнут что-то подозревать, их сразу решать пустить в расход. Нет смысла играться с героями, если не получается их контролировать. Когда можно призвать новых.. (такое чувство, что призыв героев там, как в магазин сходить)