Если бы Итачи не согласился их уничтожить, то Учихи бы попытались организовать переворот и вся деревня бы погрузилась в кровопролитную гражданскую войну. А так как Учих, банально кол-вом меньше, то клан точно так же был бы уничтожен. Поэтому Итачи и решил снизить кол-во жертв и, в частности, спасти самого важного для себя человека — Саске