Ну так нулевая сцена это спинофф, в отличии от призрачной арки.

Почему нельзя? Не знаю, никто не знает. Если бы да кабы, мы имеет то, что имеем. И то что мы имеем - вполне сносная вещь, намного лучше ванильной концовки которую хотел бы фрилансер уробучи. Увы не вышло получить зп и уйти восвояси, так уж получилось, что Симбо в первую очередь волновала Мадока как творческий продукт и только потом как коммерческий
Да и насчёт "дыр" Восстания(их нет). Призрачная арка их не затыкает, а просто разжёвывает то, о чём и так рассказывалось в фильме чтоб даже самые недалёкие поняли что вообще происходит в третьем фильме