1)Мисако не желала блокировать доступ Шисуи к доминаторам из любопытства к дальнейшим действиям Камуи и действиям Аканэ. Сивилла часто гадит Бюро и Аканэ, ради своих "социальных экспериментов". Аканэ отстранили от должности тогда, когда она начала действовать в разрез с планами Сивиллы.
2)На сколько помню у доминатора Сакуи осталось 3 разрушительных заряда, изначально их могло быть больше. И Камуи не так часто из него стрелял, к тому же он раздобый их достаточное количество.
3)Странно называть это сюжетной дырой. Просто легкомысленное решение Аканэ. Она так оценила ситуацию, не увидела угрозы со стороны того человека. Ему не куда было деваться и на самоубийцу тоже не похож.
4)Все операции и их анализ в первую очередь проходят через Сивиллу. Сакуя сказал, что это должен был сделать Камуи. А Сивилла информацию не предоставила, скрывая своё участие в инциденте.