Во-первых босс, на которого впервые напоролись Асуна и Кирито, сам по себе был уже не первым и Эйджи вполне мог прокачаться до второго ранга на предыдущих боссах.
Юны две, потому что одна просто ИИ, призванная выманивать боссов и привлекать игроков. А вторая начала создаваться из частичек воспоминаний других, т.е. как отдельная НПС.
Исполнить мечту нужно было настоящей Юны, плюс папашу бы это не остановило, а вторая Юна по началу даже говорить не могла.
А почему Эйджи так бегал в дополненной реальности: вспоминаем визит Кирито в институт Тото и его вопрос "Вы и роботов создаете?" при взгляде на коробку. Примерно такое же устройство как в коробке было на шее у Эйджи, из чего можно заключить, что его костюм содержит в себе подобие некоего экзоскелета, за счет которого сила, выносливость, скорость и подвижность увеличиваются, ибо тело передвигается не за счет собственных мышц, а за счет роботизированных внешних частей, поддерживающих его.