Эта история начинается в 3199 году, когда могущественный враг нападает на Млечный Путь из соседней галактики. Враг вступает в бой с объединёнными силами Млечного Пути, Альянса многих звёздных государств, и побеждает их одного за другим. Оставшиеся силы Альянса Млечного Пути сокращаются до шести флотилий. После того, как штаб-квартира Альянса уничтожена, а крах центрального Альянса Млечного Пути неизбежен, Великий Ямато Зеро удивляет всех и отправляется на задание, чтобы помочь Альянсу Млечного Пути в последней великой битве.