После изменения:
История, разворачивающаяся в Японии недалёкого будущего — в 2029 году. К этому времени глобальные корпоративные сети оплели всю планету, а потоки электронов и света практически заменили привычные каналы связи. Несмотря на глубокую информатизацию общества, государственные границы и национальные различия всё ещё продолжают существовать.
[character=1795]Мотоко Кусанаги[/character] — киборг с полностью протезированным телом, возглавляющая оперативную группу, куда также входит боец по имени [character=2653]Бато[/character]. Главная героиня стремится к созданию специализированного штурмового подразделения, способного эффективно работать на упреждение и предотвращать высокотехнологичные преступления. Одновременно с этим руководитель из Министерства внутренних дел [character=2677]Дайсукэ Арамаки[/character], вынашивающий аналогичные планы, решает привлечь команду к сотрудничеству. В результате формируется Девятый отдел Общественной безопасности — особая структура, призванная бороться с киберпреступностью.
В ходе расследования очередного дела, связанного с международными заговорами и правительственными интригами, оперативники сталкиваются со следами таинственного хакера. Неизвестный злоумышленник, получивший прозвище [character=18516]Кукловод[/character], начинает представлять серьёзную угрозу для государственной безопасности, вовлекая сотрудников отдела в опасное противостояние.